9월이 되면 부부 공동명의로 집 한 채를 가진 사람에게 꽤 애매한 선택지가 생깁니다.
종부세 공동명의 1주택자 특례를 신청할 것인지 그냥 부부가 각각 납부할 것인지입니다.
처음 숫자만 보면 12억원을 공제해주는 특례가 더 좋아 보일 수 있습니다.
그런데 실제 구조를 보면 그렇지 않습니다.
특례를 신청하지 않으면 부부가 각각 납세의무자가 되고 각 배우자에게 9억원씩 공제가 적용됩니다. 반대로 특례를 신청하면 부부 중 한 사람을 납세의무자로 정하고 주택 전체를 합쳐 12억원 기본공제를 적용하되 고령자·장기보유 세액공제를 받을 수 있습니다. 세액공제는 두 가지를 합쳐 최대 80%입니다.
그래서 결론은 간단합니다.
부부 공동명의 종부세 특례는 무조건 신청하는 제도가 아닙니다.
집의 공시가격과 지분율뿐 아니라 누구를 납세의무자로 선택하는지 그 사람의 나이와 보유기간이 얼마인지까지 같이 봐야 합니다.
더구나 2026년부터는 지분율이 더 높은 배우자로 정해지던 기존 방식에서 달라져 지분율과 관계없이 부부가 합의해 납세의무자를 선택할 수 있게 됐습니다.
부부 공동명의 종부세 특례가 왜 무조건 절세는 아닐까?
가장 먼저 두 가지 방식을 나눠보면 이해가 쉽습니다.
부부 공동명의 종부세 특례는 기본공제액만 비교해서 결정하기보다 공시가격과 세액공제율을 함께 계산해야 합니다.
| 구분 | 특례 미적용 | 공동명의 1주택 특례 |
|---|---|---|
| 납세의무자 | 부부 각각 | 부부 중 합의한 1명 |
| 기본공제 | 각각 9억원 | 12억원 |
| 고령자 세액공제 | 적용 안 됨 | 가능 |
| 장기보유 세액공제 | 적용 안 됨 | 가능 |
| 세액공제 한도 | – | 합계 최대 80% |
국세청도 현재 이 구조를 그대로 안내하고 있습니다.
여기서 조심해야 할 표현이 하나 있습니다.
부부 공동명의라고 해서 무조건 주택 전체에서 18억원을 한 번에 빼는 방식은 아닙니다.
각 배우자가 가진 자기 지분의 공시가격에서 각각 9억원을 공제하는 구조입니다.
예를 들어 50:50 공동명의라면 결과적으로 두 사람이 각각 9억원 공제를 활용할 수 있어 18억원까지의 공제 효과가 나타날 수 있지만, 지분율이 70:30처럼 다르면 계산 모습도 달라질 수 있습니다.
공시가격 20억원을 부부가 50:50으로 가지고 있다면?
숫자로 한번 계산해보겠습니다.
조건은 단순하게 잡겠습니다.
공시가격 20억원인 주택 1채를 부부가 50:50으로 공동명의하고 있고 다른 주택은 없다고 가정하겠습니다.
먼저 특례를 신청하지 않는 경우입니다.
부부 한 사람의 지분에 해당하는 공시가격은
20억원 × 50% = 10억원 입니다.
여기서 각자 기본공제 9억원을 빼면
10억원 – 9억원 = 1억원 이 남습니다.
주택분 종부세 과세표준은 공제 후 금액에 현재 공정시장가액비율 60%를 곱합니다.
따라서 한 사람의 과세표준은
1억원 × 60% = 6,000만원 입니다.
부부 각각 6,000만원이므로 합하면 1억2,000만원입니다.
6,000만원은 현재 2주택 이하 주택분 종부세의 3억원 이하 구간인 0.5% 세율 구간이므로 단순 산출하면
6,000만원 × 0.5% = 30만원
한 사람당 약 30만원이고 부부 합계는 약 60만원입니다.
특례를 신청하면 어떻게 달라질까?
이번에는 주택 전체 20억원을 한 명의 1세대 1주택자로 계산합니다.
20억원 – 12억원 = 8억원
여기에 공정시장가액비율 60%를 적용하면
8억원 × 60% = 4억8,000만원
의 과세표준이 나옵니다.
현행 누진세율을 단순 적용하면
3억원까지 0.5% = 150만원
나머지 1억8,000만원 × 0.7% = 126만원
따라서 합계는 276만원입니다.
여기까지 보면
특례 미적용 약 60만원
특례 적용 약 276만원
이라 상당한 차이가 납니다.
하지만 이 숫자는 어디까지나 재산세로 이미 부과된 세액의 공제와 고령자·장기보유 세액공제 세부담상한 등을 반영하기 전의 구조를 보여주기 위한 단순 계산입니다.
실제 납부할 종부세를 60만원과 276만원이라고 단정하면 안 됩니다. 국세청의 실제 종부세 계산은 공제할 재산세액과 세액공제 등을 추가로 반영합니다.
그런데 고령자나 장기보유자라면 계산이 달라집니다
특례를 신청하는 가장 큰 이유가 바로 이 부분입니다.
1세대 1주택자는 연령과 보유기간에 따라 세액공제를 받을 수 있습니다.
| 구분 | 조건 | 공제율 |
|---|---|---|
| 고령자 | 만 60세 이상 | 20% |
| 고령자 | 만 65세 이상 | 30% |
| 고령자 | 만 70세 이상 | 40% |
| 장기보유 | 5년 이상 | 20% |
| 장기보유 | 10년 이상 | 40% |
| 장기보유 | 15년 이상 | 50% |
고령자 공제와 장기보유 공제를 더할 수 있지만 합산 한도는 최대 80%입니다.
예를 들어 특례의 납세의무자로 선택할 배우자가 67세이고 주택을 13년 보유했다면
고령자 공제 30%
장기보유 공제 40%
를 합쳐 70%가 됩니다.
반대로 70세 이상이면서 15년 이상 보유했다면 단순 합계는 90%가 되지만 실제 적용 한도는 80%입니다.
그러니까 단순히
“9억원씩 공제받는 것보다 12억원 공제가 적으니 특례가 무조건 손해다”
라고도 할 수 없습니다.
집값이 올라가고 세액공제율이 높아질수록 상황이 뒤집힐 수 있기 때문입니다.
국세청은 실제로 어느 구간부터 특례가 유리하다고 볼까?
이번 글에서 가장 눈여겨볼 부분입니다.
국세청은 오늘 발표한 자료에서 부부가 한 채를 50:50으로 공동소유하는 경우의 표준 세부담 비교표를 공개했습니다.
2026년 9월 10일 국세청 종부세 과세특례 보도자료
그 표를 세액공제율별로 읽어보면 특례가 유리해지기 시작하는 공시가격은 대략 다음과 같습니다.
| 적용 가능한 세액공제율 | 공동명의 특례가 유리해지는 표준 공시가격 구간 |
|---|---|
| 20% | 447.2억원 이상 |
| 30% | 239.8억원 이상 |
| 40% | 61.5억원 이상 |
| 50% | 44.2억원 이상 |
| 60% | 32.6억원 이상 |
| 70% | 25.1억원 이상 |
| 80% | 20.6억원 이상 |
특히 재미있는 부분은 공시가격 20억원 사례입니다.
국세청 표준 비교표에서는 공시가격 12억원부터 20억5천만원 구간이라면 세액공제율이 상당히 높더라도 부부가 각각 납부하는 특례 미적용 방식이 유리한 구간으로 제시됩니다.
이것만 봐도
“최대 80% 공제라니까 특례 신청부터 해야겠다”
라고 판단하면 위험하다는 걸 알 수 있습니다.
※ 위 표는 50:50 공동명의를 전제로 한 국세청의 표준 세부담 비교표입니다. 실제 세액은 지분율 재산세 공제 감면 세부담상한 등 개인별 조건에 따라 달라질 수 있으므로 최종 선택은 홈택스 모의계산 결과로 확인해야 합니다.
공시가격 30억원이고 세액공제율이 70%라면?
이번에는 조금 다른 가정을 해보겠습니다.
공시가격 30억원, 부부 지분 50:50이고 특례의 납세의무자로 선택하려는 사람이 67세·13년 보유했다고 가정하겠습니다.
앞에서 계산했듯이 이 사람의 고령자·장기보유 세액공제율은
30% + 40% = 70% 입니다.
국세청의 50:50 표준 비교표를 보면 70% 공제율에서는 공시가격 25억1천만원 이상부터 공동명의 특례 적용이 유리한 구간으로 표시됩니다.
따라서 공시가격 30억원이라는 똑같은 집이라도
세액공제율이 거의 없는 젊은 부부라면 각각 납부가 유리할 가능성이 높고
연령과 보유기간 공제를 합쳐 70%를 받을 수 있다면 특례가 유리해질 가능성이 높습니다.
이게 이 제도를 볼 때 공시가격만 확인하면 안 되는 이유입니다.
2026년에 달라진 핵심은 납세의무자를 부부가 선택할 수 있다는 점입니다
올해는 이 부분을 그냥 지나치면 안 됩니다.
종전에는 공동명의 1주택 특례의 납세의무자를 정할 때 지분율의 영향을 받았고, 지분이 같은 경우 등에 선택할 수 있었습니다.
하지만 2026년 2월 27일부터 시행된 개정 시행령에서는 부부 공동소유자가 합의해 납세의무자를 정할 수 있도록 바뀌었습니다.
현재 시행령 제5조의2는 해당 주택을 소유한 부부 중 공동 소유자 간 합의로 정한 사람을 공동명의 1주택자로 규정합니다.
예를 들어 남편 지분 70%, 아내 지분 30%인 경우라도 이제 단순히 지분이 높은 남편만 놓고 볼 필요가 없습니다.
특례 적용 시 고령자·장기보유 세액공제는 선택한 납세의무자의 연령과 보유기간을 기준으로 하기 때문입니다.
그렇다면 나이가 많은 배우자를 선택하면 무조건 유리할까?
여기서 또 하나의 함정이 있습니다.
세액공제만 보면 나이가 많고 보유기간이 긴 배우자를 선택하는 것이 유리해 보일 수 있습니다.
예를 들어 한쪽은 58세이고 다른 배우자는 68세라면 고령자 공제만으로 차이가 생길 수 있습니다.
그런데 실제 판단에서는 보유기간도 같이 봐야 하고 특례 자체가 부부 각각 납부보다 유리한지도 먼저 계산해야 합니다.
즉 선택 순서는
누구를 납세의무자로 할까?
보다 먼저
우리 부부는 특례 자체를 적용하는 게 유리한가?
를 확인하는 게 맞습니다.
특례가 유리하다고 판단된 다음에 두 배우자 중 누구를 납세의무자로 선택해야 세액공제를 더 받을 수 있는지를 비교하는 편이 안전합니다.
특례를 받을 수 있는 부부도 조건이 있습니다
2026년 6월 1일을 기준으로 거주자인 부부가 공동으로 1주택만을 소유하고 다른 세대원이 주택을 소유하지 않는 것이 기본 요건입니다.
국세청은 공동명의 배우자가 다른 주택을 소유하고 있는 경우에는 이 특례가 적용되지 않는다고 안내하고 있습니다.
따라서 단순히 부동산 등기부에 부부 두 사람 이름이 올라가 있다는 이유만으로 바로 특례 대상이라고 생각하면 안 됩니다.
과세기준일인 6월 1일 현재의 보유상황을 기준으로 먼저 확인해야 합니다.
신청기간은 9월 16일부터 9월 30일까지입니다
올해 종부세 과세특례 신청기간은 2026년 9월 16일부터 9월 30일까지입니다.
국세청은 오늘인 9월 10일 올해 합산배제·과세특례 적용이 예상되는 납세자 약 4만8천명에게 안내문을 발송한다고 발표했습니다. 기간 내 신청하면 내용이 11월 종부세 정기고지에 반영됩니다.
공동명의 1주택자 특례는 관할 세무서에 신청할 수 있고 국세청은 홈택스를 통한 신고·신청과 모의계산도 제공하고 있습니다. 서면 신청 시에는 공동명의 1주택자 특례 신청서와 혼인관계증명서가 필요하다고 안내합니다.
작년에 특례를 신청했다면 올해 또 해야 할까?
내용에 변동이 없다면 매년 처음부터 다시 신청할 필요는 없습니다.
국세청은 최초 신청 다음 연도부터 신청 내용에 변동이 없다면 별도 신청 없이 계속 적용된다고 안내하고 있습니다.
오히려 올해 중요한 사람은
작년에 특례를 적용받았지만 올해 계산해보니 부부 각각 납부하는 방식이 더 유리해진 사람
또는
2026년 제도 변경을 이용해 납세의무자로 선택할 배우자를 바꾸려는 사람 입니다.
이런 경우라면 기존 신청을 그냥 방치하기보다 변경 여부를 확인하는 게 좋습니다.
특히 국세청도 특례 적용이 오히려 불리할 수 있다고 직접 경고하고 있으니 지난해 신청했다는 이유만으로 올해 계산을 생략하는 것은 추천하기 어렵습니다.
신청 버튼보다 먼저 모의계산을 해보는 게 좋습니다
이 글을 정리하면서 가장 중요한 결론은 의외로 단순했습니다.
특례 신청부터 하지 말고 두 방식의 예상세액부터 비교하는 것입니다.
국세청도 홈택스와 손택스에서 공동명의 특례 적용 여부를 비교할 수 있도록 모의세액계산 서비스를 안내하고 있습니다.
홈택스에서는
세무업무 가이드맵(Map) → 종합부동산세 → 종합부동산세 고지·모의계산 → 모의계산
순서로 들어갈 수 있습니다.
손택스에서는
전체메뉴 → 세금신고 → 종합부동산세 신고 → 종합부동산세 간이세액계산
경로로 확인할 수 있습니다.
제가 실제로 공동명의 특례 여부를 결정한다면 다음 순서로 확인하겠습니다.
- 6월 1일 현재 부부 공동명의 1주택 요건을 충족하는지 확인
- 주택 전체 공시가격과 부부 각각의 지분율 확인
- 특례 미적용으로 부부가 각각 납부할 예상세액 계산
- 부부 각각의 나이와 실제 보유기간 확인
- 특례 적용 시 누구를 납세의무자로 할지 각각 비교
- 홈택스 모의계산에서 두 결과를 확인한 뒤 9월 30일까지 신청 여부 결정
각 9억원과 12억원 중 숫자가 큰 쪽만 고르는 문제가 아니었습니다
부부 공동명의 종부세 특례는 제도 이름만 보면 “1세대 1주택 혜택을 받는 것이니 당연히 신청하는 게 낫겠지”라고 생각하기 쉽습니다.
하지만 실제 계산은 반대인 경우도 많습니다.
특례를 적용하지 않으면 부부가 각각 자신의 지분에서 9억원씩 공제받습니다.
특례를 적용하면 주택 전체에서 12억원을 공제하고 대신 선택한 납세의무자의 나이와 보유기간에 따라 최대 80%의 세액공제를 받을 수 있습니다.
공시가격 20억원의 50:50 공동명의 사례만 보더라도 국세청 표준 비교표에서는 특례 미적용 쪽이 유리한 구간입니다. 반면 공시가격이 더 높고 고령·장기보유 공제율이 커지면 특례 쪽으로 유불리가 바뀔 수 있습니다.
그래서 이번 9월에 확인해야 할 질문은
“12억원 공제를 받을 수 있나?”
하나가 아니라
“우리 집 공시가격과 우리 부부의 세액공제 조건에서는 실제로 어느 쪽 세금이 더 적은가?” 입니다.
2026년에는 납세의무자까지 부부가 합의해 선택할 수 있게 된 만큼 예전에 계산했던 결과를 그대로 믿기보다 한 번 다시 비교해볼 이유가 생겼습니다.
※ 이 글은 2026년 9월 10일 현재 국세청 발표와 시행 중인 종합부동산세법·시행령을 기준으로 작성한 일반적인 계산 사례입니다. 실제 종부세는 주택별 지분율 재산세 공제 감면 세부담상한 및 개인별 보유상황 등에 따라 달라질 수 있으므로 최종 신청 전에는 홈택스 모의계산 또는 국세청 126을 통해 본인 상황을 확인하시기 바랍니다.